Информация о структуре и органах управления определена в Уставе школы (Глава V, стр.13-15).
Учредителем образовательной организации муниципальной общеобразовательной бюджетной организации средней общеобразовательной школы № 49 г. Сочи имени Н.И. Кондратенко является Администрация города Сочи. От имени администрации города Сочи функции учредителя Учреждения осуществляют департамент имущественных отношений администрации города Сочи, и Управление по образованию и науке администрации города Сочи.